Programi i qeverisjes së mirë është i lidhur drejtpërdrejt me misionin e Qëndresës Qytetare për të fuqizuar dhe rritur kapacitetet e qytetarëve në funksion të mirëqeverisjes. Metodologjia e përdorur në këtë program lidhet me monitorimet watchdog mbi financat e institucioneve dhe zbatimin e ligjit në funksion të shtetit të së drejtës. Qëllimi i programit është fuqizimi i mekanizmave që mundësojnë pjesëmarrjen e qytetarëve në vendimmarrjen qëndrore dhe lokale.